لم يفارق التناقض حال التجربة الإسلامية الحاكمة، فبدأ توجه القيادات و على رأس عرابها الترابي نحو إعادة النظر في كثير من أعمدة الفكرة الإخوانية، فكان أن عطل دور التربية في تنظيم الإخوان و حلت مجالس الأسر، و استبدل ذلك بتوجه نحو الساحة السياسية، حيث استمد أبناء الحركة هناك مغذياتهم من أفكار مرزؤة بالمتناقضات كان يطلقها حسن الترابي الذي تأثر جداً بمناهج العقلانية في قراءاته الدينية و السياسية مع خلط كبير فيهما.

ثم لم يلبث التنظيم أن مني بضربة الإنشقاق التي قصمت ظهره، فكان إنشقاق حسن الترابي و خروجه من عباءة المؤتمر الوطني إلى آخر سماه بالمؤتمر الشعبي، و خرجت معه شخصيات قيادية و كفاءات سياسية عديدة، و كانت السجالات بين الفريقين التي لم تنتهي حتى الآن و التي أظهرت تناقض السياسة السودانية مع النتائج التي أنهت بها فصلاً طويلاً من صراعها في الجنوب، فبعد أن كان يتم إعتقال قادة المؤتمر الشعبي و حزب الأمة بدعوى التآمر و الإتصال بالجهات المعادية (جيش التحرير الشعبي) قامت السياسة السودانية بمناقضة موقفها الرافض آنئذ بآخر يبدو أنه لا يرفض أي شيء، فأنهيت حقبة الصراع الطويل بنتائج خيبت كثيراً من الآمال التي تحسر أصحابها على جدوى الحرب التي خاضوها مع النتائج التي انتهت بها.

و مع ذلك، لم يكن التناقض السياسي حبيس الداخل السوداني فقط، بل إنه شمل العلاقات التي تجمعه مع فصائل إسلامية أخرى، كحركة حماس التي أتيح لها في البدء ممارسة العمل السياسي في الأراضي السودانية، ثم لم تلبث السياسة ذاتها أن تنكص على عقبيها متراجعة و تقوم برفض هذا التواجد، مع أن حماس و الحكومة السودانية انبثقا من ذات المنبع الإخواني، أو هكذا يفترض.

مؤخراًَ، تشدق الساسة السودانيون برفض التدخل الأممي في دارفور و توعد البشير بمقاومة مماثلة لمقاومة حزب الله في الجنوب، و لكن هذه التصريحات تتناقض بالكلية عما تناقل من أخبار و شهود عيان بأن مطار العاصمة قد أتاح منفذاً خاصاً لهيئة الأمم، و أن تواجداً عسكرياًً أممياً لوحظ في أحد الأحياء السودانية. و لا غرابة في الخبر، بل إنه ينسجم مع السياسة العربية الجامعة إذ تدعونا لأن نسير معها في أفعالها الهوائية، التي لا يبقى منها و لا يذر أي إنطباع في الأفعال الأرضية، ثم إذا اقتضت الحاجة بانتهاء الرحلة الهوائية أذاع القبطان بضرورة الهبوط الإضطراري!.

في أزمة دافور، لم تتعجل الحكومة برأب الصدع بل تمادت إلى أبعد حد ممكن في إطالته ظناً منها أن جانبها سيغلب في نهاية المعركة، و لكن الأمر لم يكن كذلك كما هي شأن معظم السياسات العربية إذ لا تكون كما يراد لها أن تكون، لأنها تتعلق بأماني منقطعة عن متابعة المتغيرات الدولية و الإقليمية، فكان أن سمحت من تلك البقعة التي تساهلت بأمرها أن تكون مهداً لتوغل أمريكي آخر يستطيع فرض ما لم تستطع السياسة فرضه بتهديد ضغط هيئة الأمم، و من ثم بضغط السلاح.